La période d'incubation varie de quelques heures à quelques jours, avec un maximum de 21 jours. Elle est sujette à l'influence de divers éléments, comme la virulence du virus, le nombre de volailles infectées, la résistance, l'age et l'espèce des volailles, le niveau d'élevage, de nutrition et de conditions sanitaires, et l'efficacité des mesures d'urgence. La grippe aviaire hautement pathogène se caractérise par une courte période d'incubation, une brusque déclaration, et de hautes morbidité et mortalité. Il est possible que l'infection s'effectue pendant la période d'incubation.