自北京市實施垃圾分類以來，國家游泳中心（水立方）由主管領導牽頭，健全垃圾分類管理制度、規范設置垃圾收集容器，對保潔員進行垃圾分類專項培訓、增設專職垃圾分揀員，同時采用張貼宣傳海報等多種形式，嚴格執行了垃圾分類工作。

2020年開始，水立方在垃圾存放區設置四類垃圾桶，每天安排一名專職垃圾分揀員對產生垃圾分類進行分揀，遇大型活動按垃圾產量增加垃圾分揀員人數，每月對保潔部員工進行垃圾分類專項培訓，每天對垃圾存放區及分揀員進行垃圾分類檢查。

水立方還在公共區域張貼垃圾分類宣傳海報，通過此方式大力宣傳相關垃圾分類知識，普及垃圾分類的常識，增強員工及游客對垃圾分類的意識，并制作垃圾分類信息公示欄，垃圾分類管理制度展板張貼在垃圾中轉站位置。