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2016年4月20日，英國《自然》雜志網站發布了2016年度自然指數排名（Nature Index 2016 Tables），中國科學院在全球科研機構排名中繼續位列第一。在國家和地區排名中，中國雖然仍排在美國之后居第二位，但在前10名中分值增幅最大。

最新發布的2016年度排名，通過加權分數式計量(WFC)，對全球科研機構、國家和地區、核心學科、高校及企業等在去年全年的表現分別進行了評估。

WFC指數主要以論文發表為標準，同時考慮了不同學科之間的權衡問題，能較全面地反映論文作者、機構和國家對全球科學的貢獻。

在全球科研機構排名中，中科院以1357.82分蟬聯榜首，這一分值幾乎比排名第二的美國哈佛大學(772.33分)多出一倍。但從整體來看，歐美等傳統科研強勢地區仍然優勢明顯。除中科院和排名第六的東京大學外，前10名的科研機構中另外8所全部來自歐美。

以下為“全球科研機構十大排行榜”排行榜：

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?英國劍橋大學

2014年加權分數式計量：406.33

2015年加權分數式計量：390.54

變化：-3.9%